El despido de Hernán Gómez Bruera del Instituto de Investigaciones Dr. José María Luis Mora en 2019 fue el resultado de un proceso de evaluación en el que se determinó que su desempeño como profesor-investigador fue deficiente. A pesar de sus alegatos en redes sociales, donde afirmó que su salida se debió a sus opiniones políticas, la institución ha dejado claro que el motivo real fueron sus incumplimientos académicos y éticos.
Uno de los principales problemas señalados fue su solicitud de exención de la carga docente para coordinar un programa de maestría. Sin embargo, su gestión fue catalogada como "altamente insatisfactoria", llegando a poner en riesgo la finalización del plan de estudios de los estudiantes. Esto generó una falta de confianza en su capacidad para cumplir con sus compromisos académicos.
Además, Gómez Bruera fue advertido por realizar actividades remuneradas fuera del Instituto, lo que contravenía las normativas de la institución. A pesar de haber recibido un extrañamiento oficial, continuó con estas actividades, lo que agravó su situación ante el Consejo Técnico Consultivo Interno (CTCI), encargado de su evaluación.
Asimismo, versiones no oficiales señalan que Gómez Bruera también habría cobrado a estudiantes por distintos motivos, violando la ética profesional.
El manejo de un libro comprometido en su plan de trabajo fue otro factor en su contra. En lugar de entregarlo al Instituto Mora, el texto fue llevado a una editorial privada, sin que se conocieran los términos de la publicación debido a una cláusula de confidencialidad. Este comportamiento, sumado a su falta de compromiso, fue decisivo en la decisión de no otorgarle la definitividad.
A pesar de que Gómez Bruera intentó presentar su despido como una persecución política, las evidencias señalan que su bajo rendimiento, incumplimientos y decisiones irregulares fueron los factores clave para su salida del Instituto Mora, dejando en entredicho su ética profesional.
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